Como VISUALIZAR MACROMOLÉCULAS? Um (não tão breve) tour pelo PyMOL

olá pessoal está de volta é hoje vou fazer uma continuação aquela série nossa de vídeos é sobre os dados que a gente trabalha e informais que estrutural e montou um vídeo anterior a gente falou sobre a base da tb né que o projeto de lei também quê e onde conseguiu os dados falando coqueiros formatos da adiçã pegamos um site e agora vou falar um pouquinho dessa ferramenta eu vou colocar aqui a tela para vocês é que existe no painel novo é é a interface dela é muito fácil assim um pouco dá um pouco de medo

a gente começar a mexer mas eu vou entrar aqui no site pra vocês verem o site do painel ou é para você obter essa ferramenta basta virar esse site espanhol ponto org e aqui vocês vão conseguir na seção de downloads tanto a versão windows quanto a versão mac e linux no meu caso aqui tudo mec é esse bom é uma ferramenta que antigamente ela era de código livre era gratuita ela foi comprada por essa empresa que se chama tirar ninguém antigamente ela foi nem a arma foi originalmente desenvolvido por esse guarda delano aqui e depois

vou comprar para ela tirar de mim é a princípio ele fechar um pouco não conseguimos mas o download [Música] depois de lançar essa versão educacional a gente consegue utilizar novamente para pesquisa livre para trabalhos acadêmicos vão ser utilizadas em búzios a é então a primeira coisa a fazer é fazer o download dessa ferramenta vocês venham aqui faça o download depois quando vocês abrirem vai aparecer essa telinha pôde inicial que pra você está me vejam como vocês viram ela é educacional é um objetivo que hoje é fazer um turbo básico semana passada passa pelo pai mo

porque é uma ferramenta muito avançada não dá para você fazer figuras maravilhoso seus artigos figuras em alta resolução deixa de se fazer vídeo então você consegue gerar vídeos moléculas movimentando os não adianta você pode mostrar mulher cosmopolitan um ligante entrando e saindo para mim é até é uma ferramenta lançada como falei no assunto batido porque ela é essencial uma pessoa iniciante em informática estrutural aprender a mexer no papai noel porque você precisa aprender a mexer na lei e você precisa aprender visualizar precisa aprender a observar os resíduos as interações com os resíduos fazem como os

ligantes unzinho as moléculas de água a própria estrutura várias cadeias então são várias coisas que a gente vai falando que o canal pretende falar precisa que a um dos vídeos é e desde já você precisa saber abril uma proteína e olhar e observar todas essas características dentro lugar pretendentes você quiser e ao site do bbb pra vocês o site perdeu r csb ponto org vim aqui olhar por exemplo alguma coisa sobre o mundo vivia então você pode fazer pesquisa dos cabelos arquivos o [Música] vírus o meu elenco vocês podem mesmo que tenha sido uma enzima

do v curiosidade treina e para isso vão precisar de um visualizador de moda ela está e eu sugiro bairros em outros mas eu sugiro o pai bom voltar aqui olha a interface painel nem eu espero que funcione o que parece que a internet tem duas formas de você começar aqui é mais você pode abrir um arquivo gente no caso quem vai aparecer nenhum trabalho abrindo assim você pode abrir um arquivo do pb que no seu tempo é pelo site né o padre direto da running perna direita por exemplo é de bbb você coloca o que

aquele código 41 é disso que a gente já falou eu sei que existe uma bobina da baleia que tem que exigir então posso vir aqui fazer download olha então assim que a primeira visualização dessa molécula já mostrei no dessas pra vocês não falam anteriores não vou ficar a mesma aqui a gente pode observar interessante [Música] vocês vêem no youtube aqui a gente tem que originalmente verde a cadeia política né a proteína mesmo essa estrutura que a gente fala também no dia anterior que assistiam à para eles está uma proteína que a gente ande ball é

alto e é toda a alta só tem ele poderia ver que ela tem 8 l saque ela tem grupo n que eu falei pra você dá um ligante a 1 com o fator se liga à ela e ela está aqui com 2002 desculpa de oxigênio o2 porque a gente já falou que o transportador de oxigênio oxigênio está aqui ligada no grupo n e essa molécula nessa macromolécula que a proteína vai transportar o oxigênio dos nossos músicos está em 2004 também ligada eu tenho esse monte de pontinhos pequeninos aqui ó também já falei no vídeo anterior

são átomos de oxigênio é que representa uma queda de água então como é uma estrutura resolvido pelo próximo de raio x não dá para ver o hidrogênio é muito pequenino de fraca então é isso eu sei que é um baixo então que que mais eu posso verde legal que mais posso dizer de legal que o irmão mil padres por usar pra vocês a primeira coisa que nem além de abrir edital é você consegue também exportar com figuras estamos a fazer isso aqui no final eu vou focar aqui um pouquinho nesse menu de ser descrita em

algumas coisas importantes para gerar figuras bonitas mas eu não vou me aprofundar tanto nacional eu só vou mexer aqui no background está não posso escolher o background branco para o jardim bem melhor né posso com cinza posso preto mas eu vou ficar com o branco pode querer gerados com uma figura quero focar nas moléculas de água não querem pagar todas as maneiras já tá então uma forma de fazer isso é usando a linha de comandam o painel você tanto pode trabalhar é com esses meninos nem como eu falei você pode abrir a maleta aqui no

baguete pb quando você pode ter um comando aqui que sejam fetos de buscar eu poderia ter feito 17 11 a 6 ele aqui e dá um jeito ele é buscar tanto é que vai buscar novamente que o objeto que já resulta em menor mas por exemplo vamos realizar tudo aquilo o impacto do reino de oxalá geisy então o teu dinheiro aí sim poderia fazer 7 a 0 não posso trabalhar todos os anos - quanto usando comandos aqui nessa linha de comando que é muito rica pisos mais avançados e quando a minha presença já tinha vários

scripts prontos não formal funciona também né diz que você pode usar figurino larga escala de centenas de figurantes é seguindo o mesmo formato da ação então fazendo usando a linha de comando que por exemplo vou selecionar um tempo de intelecto necessita que aprender o mundo tem celulite é bem base então é selecionar resíduos né um nome anterior o amor é grande a bela tem o nome de hh então é como é que o selecionou como exemplo pelo nome é a palavra-chave resto seletti name observa que mostrou que os 193 dados então tem 193 moléculas de

água que foram aprisionados no cristal que foram resolvidas estão aqui no ataque então aqui no menu da direita eu sempre odiei pará na direita é com um ace e os é lei e as sentenças comuns aqui que não ser um é marcar não é sintomático tantas coisas que é né então ok significa tudo todos o que tem sua hora no carregado no seu painel a pagar aqui o som tudo colocar ele volta com tudo aqui de baixo é sua mãe com as exemplo que poderiam ter outras não posso carregar aquilo outro lado dessa possa até

fazer aqui pra vocês verem por exemplo buscar uma outra meu lobinho que eu sei que 13 min super esquisito né porque ficou carregado em cima da outra isso não existe nem vê lo diretamente não tenha condição é porque porque é é as coordenadas três delas estão no final e então ficou essa coisa se não quiser ver as duas vêm aqui tira 2 mm um evento tirar tirar você pode trabalhar com o que eu vou fazer aqui criando deletar essa molécula que maneira ele tem como deletados governo teria de fechar por aqui bom não sei sinceramente

aqui é não sei vou realizar tudo é pra ficar no limite de novo só com a minha molécula original uma cerveja e daí eu selecionei as moléculas de água então aqui ó eu posso ver tudo só um à cvm e que só a minha seleção coloca e tira a mesas a minha seleção só molécula de água pretendo fazer várias seleções por exemplo eu posso ver que selecionar o s tropa 2 então aí a seleção que foi sobre isso que tu não posso querer selecionar várias coisas eu posso renomear na seleção criar um objeto então esse

aqui essa coluna nela tem a ver com isso os nomes não posso deletar sua seleção e renomear a seleção também então o nome dela é selé bom então coloco 2012 a seleção agora 14 renomear aqui local onde s o que eu posso relacionar o grupo e [Música] também aqui no meio ele é e posso selecionar o oxigênio moléculas de co2 não não me mann é oxi oxi mede se a gente coloca o mouse nele aqui ele dá o nome eu posso vir aqui eu não fiz a seleção atom selecionei agora sim [Música] nele acho que

eu tô aqui vocês já viram a 5 tem muito mais coisa e tal possa alinhar uma coisa com a outra e tals entrar no ringue em diferentes áreas que eu posso fazer duplicar copiar mas eu acabo focar só nessa parte o sr é um show é de show não posso querer exibir tudo isso de forma diferente por exemplo de água quer exibir elas com esferas vamos ver se funciona polui muito mais mas agora eu vejo olha quantas moléculas de água estão em volta do mesmo jeito que no show pelo rádio não posso querer ver que

na água e não rádio e tudo ficou mais limpo eu vou voltar gosto dele branco quero pegar os meus ex e 14 aqui também são 12 mil e paga mas aí de repente eu quero botar ele de novo como stixx não é só com estes olhos quando fica mais limpo né é legal que vocês tão bem nos aproveitar a ligar suas duplas também nós queremos a mesma coisa como eu robô dois né meu oxigênio já tem observa que se eu mandar exibe como estes não vai aparecer nada porque eu estive ficou debaixo da espera então

posso por exemplo ver que dá um raid esferas do 2 numa pode visualizar os escolhe o que acha de melhor deles irá demover o e de várias formas lado é bom e aí vem a parte que eu gosto muito daqui e colocar cores então por exemplo vir aqui tudo é normal aqui e dar uma cor olha só pode colorir por elemento e limitações elementos químicos da tabela periódica então os mais comuns em carbono hidrogênio nitrogênio de nicho e proteínas para se abrir para vocês também então você pode tanto colocar por elemento escolher a sua cor

do carbono que as outras são padrão tá o hidrogênio é sempre branco o nitrogênio centrados o oxigênio sempre vermelho e shows sempre amarelindo a gente até no mundo mas o cargo antes de escolher a quem não se pode pôr rosa por exemplo olha como quase tudo vira rosa é a maioria que eu tenho você pode colorir assim por ele e medo por cadeia no caso aqui só tem uma cadeia ou é pura estrutura secundária então a gente falou que tem hélices folhas beda lupi está é então posso escolher esse esquema de cores aqui em vermelho

amarelo verde e vermelho posso escolher é a suposta laranja digital opções de cores aqui por estrutura secundária não gosto muito delas posso colocar por escolher com a água por exemplo que por representação que a estirpe amarelo o que é cartão verde pode dizer sim mas quase impossível eu gosto mesmo é de usar a representação por ele' o elemento assim o espectro isso aqui porque eu fiz isso só pra mostrar pra vocês que são as oito é esse setor secundário nesse vídeo falei há no clube tem uma estrutura secundária são nomeadas de até h a começar

pela azul o terminal tenho então a b e c f zezinho iof e assim fazer muita coisa legal é é ocultar e as cores se colocar como um grupo em que eu coloquei representará as cores aqui stixx que eu planejei que é legal agora há que se fazer presente em seu artigo da lei por exemplo ele vai rodar melhor figura pra você olha que bonitinho né o pequeno posso fazer uma figura maior quanto maior a figura mais tempo ainda rodando isso aqui é uma figura em alta resolução quando você colocasse martinho vai ficar muito bonito

bonita mesmo e até o fim e transparente com vocês viram né algumas coisas podem mexer aqui por exemplo qualidade vocal máxima qualidade é o computador muito antigos pode não ser legal por isso que não é o padrão tá você pode mandar suavizar as linhas vai ficar mais bonitinho você pode colocar as sombras sabem por exemplo que já está bonitinha selecionados eram figuras bem bacana foi que você quer agora nem mostrou figura gerando artigo você quer agora só mostrar a interação e da proteína com o emmy com um ou dois aqui que vou fazer vou mostrar

que a seqüência tá aqui ó você consegue ver toda sequência da proteína nas folhas ar com eles igualzinho a gente está vendo aqui em baixo tá então sei que esse grupo ele que ele é coordenador do existe diz que eu já não sei que vocês e outros vídeos também é então vou procurar aqui pela existe dyna-6 eu acho achei um que eu sabia que ela tá nessa é esse laranja tem 11 máquinas a sbd também se aqui um pouquinho de sorte eu acho aqui achei que eu vou mudar essa mesa cessante pra este dias e

vou exibir ataque mudou hoje é a pimenta é bom quando isso vamos ver se ele vai [Música] enquanto isso a gente pode salvar tom salvar essa sessão nesta sessão como é o primeiro então você pode fechar e você pode abrindo novamente começar do zero toda aquela sua geração da molécula buscar no bb fazer todas as colorações seleções você vem aqui ou bem recente é então dps é ou se você souber o diretor também se pode ler que tá tudo bonitinho não funcionar tudo tem que selecionar de novo aqui é um é aqui renomeá elas aqui

vou mostrar bem isso que eu queria mostrar como lar e eu quero mostrar lá tão bonitinhos também só está muito cheia de coisa aqui temos visto que não quer mostrar não quero ter uma figura mais não dizer se focar agora eu quero eu quero mostrar [Música] o meu e com isso que eu queria por exemplo colocar o nome aqui por exemplo levou nome do resíduo 9364 dá para mexer nesse nome do tamanho do acordo altamente é configurar é muito flexível então gente assim no vídeo muito longo mas muito que eu pensava em fazer é mas

acho que assim segue um pouco e mostrar como explorar as metas né eu vou deixar para vocês como referência um pequeno tutorial da página do próprio pai mall que é uma prática para iniciantes estão assim tenho isso que eu falei que mais coisas falou sobre isso felipe diz também que se você tiver curiosidade faz mais coisas loucas aquele produto que mais faz é scripts é deixe de baixo os comentários tá é melhorar responder perguntas você sair alguma coisa eu também trabalho aqui vocês tenho e relacionado com isso e é bom a gente vai continuar os

nossos vídeos falando um pouco mais proteína é como a pequena proposta dos aminoácidos das pessoas e ferir e fala um pouco mais no terceiro cartão dentro disso eu peço que vocês tiveram curiosidade o favor é me deixe saber aí embaixo os comentários se você gostou desse vídeo desse conteúdo eu curtir aí pra que possa parecer a outras pessoas também é se você tem interesse em ações de informática de forma estrutural se inscreve no canal que pretendo colocar mais conteúdo e brad bom obrigado por ter resistido e até a próxima